Secondo quanto chiarito dalla circ. Agenzia delle Entrate 7.4.2016 n. 11, nel determinare l’incidenza economica sul reddito d’impresa derivante dall’utilizzo diretto dei beni immateriali oggetto del Patent box, devono essere considerati tutti i fattori che contribuiscono materialmente alla creazione del valore per l’impresa. Pertanto, non rilevano soltanto le funzioni routinarie e gli intangibles, ma anche ulteriori elementi come sinergie di gruppo o specifiche caratteristiche del mercato; fattori che vanno al di là di quelli classificati dall’OCSE nelle Linee guida sui prezzi di trasferimento, ritenuti però necessari per garantire agli uffici una chiara comprensione della realtà aziendale.
Sono quindi preferibili il metodo del CUP e quello basato sulla ripartizione degli utili, mentre viene sconsigliato l’utilizzo di metodi quali il prezzo di rivendita, il margine netto della transazione e il costo maggiorato.